Ғылыми кеңес университетті алқалы басқарудың жоғары органы болып табылады. Ғылыми кеңестің құрамы жыл сайын бекітіледі. Бәйішев атындағы университеттің ректоры Ғылыми кеңестің төрағасы болып табылады. Төрағаның орынбасары – қызмет бағыты бойынша проректор. Төраға Ғылыми кеңестің жұмысын ұйымдастырады және міндетін атқарушының тәртібіне сәйкес оның қызметін қамтамасыз етеді. Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің 2007 жылғы 22 қарашадағы N 574 «Жоғары оқу орнының Ғылыми кеңесі қызметінің үлгілік ережесін және оны сайлау тәртібін бекіту туралы» Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің 2007 жылғы 22 қарашадағы N 574 және өзге де жаңа нормативтік құқықтық Қазақстан Республикасының білім және ғылым саласындағы актілері және СМЖ П 01 -2019 «Ғылыми кеңес туралы ереже» ішкі университет құжаты. Ғылыми кеңес өз жұмысын оқу жылына бекітілген жұмыс жоспары негізінде ұйымдастырады.
Ғылыми кеңестің мақсаттары:
- кәсіптік білім беру бағдарламаларын табысты іске асыру мақсатында университеттің студенттері мен профессорлық-оқытушылық құрамы үшін қажетті жағдайлар жасау;
- қаржылық қолдау көрсету, университеттің материалдық-техникалық базасын нығайту;
- университеттің одан әрі дамуына ықпал ету.
Ғылыми кеңестің қызметі оның құзыретіне кіретін мәселелерді ұжымдық талқылаудың ашықтығына негізделеді.
Ғылыми кеңестің құзыретіне мыналар кіреді:
- Университет құрылымын бекіту;
- Университет жарғысына өзгерістер мен толықтырулар енгізу;
- Университеттің оқу және ғылыми бөлімдерін құру, қайта ұйымдастыру және тарату;
- Университеттің даму тұжырымдамасын (стратегиясын) анықтау;
- Университеттің оқу-әдістемелік, әлеуметтік-тәрбиелік, халықаралық, ғылыми, инновациялық және экономикалық қызметін ұйымдастырудың барлық іргелі мәселелері бойынша шешімдер қабылдау;
- Ректордың, проректорлардың, құрылымдық бөлімшелер басшыларының жыл сайынғы есептерін, оқу, ғылыми зерттеулерді, оқу-тәрбие, қаржылық-экономикалық, ақпараттық және халықаралық қызметті жүргізу нысандары мен әдістері туралы есептерді және т.б. тыңдау;
- Білім берудің барлық деңгейлері мен нысандарының оқу жоспарларын бекіту;
- Оқулықтар мен оқу-әдістемелік құралдарды, оқу-әдістемелік әзірлемелерді, монографияларды және т.б. шолу және басып шығаруға ұсыныс беру;
- Студенттерді ақылы бөлімнен білім беру грантына және экстернатқа ауыстыру туралы шешім қабылдау;
- Қазақстан Республикасы Президентi белгiлеген стипендияны және жеке стипендияларды тағайындау туралы шешiм қабылдау;
- Магистранттардың диссертацияларының (жобаларының), студенттердің дипломдық жұмыстардың (жобалардың) тақырыптары мен жетекшілерін бекіту;
- Университеттің қаржылық-шаруашылық қызметіне бақылауды ұйымдастыру;
- бюджеттен тыс қаражатты пайдалану тәртібін, сондай-ақ ақылы білім беру қызметтерін көрсету және өндірілген өнімді өткізу арқылы университет алған кірістерді қайта инвестициялау бағыттарын анықтау;
- Құрметті атақтар, шәкіртақылар мен сыйлықтарды бекіту және тағайындау;
- Университет қызметкерлері мен шығармашылық ұжымдарын мемлекеттік наградалар мен құрметті атақтарға ұсыну мәселелерін қарау;
- Ғылыми атақтарды беруге университет ғалымдарын ұсыну мәселелерін қарайды;
- Коллегиялық шешім қабылдауды талап ететін университеттің ағымдағы қызметінің басқа да мәселелерін қарастыру.