ҚР СТ ISO 9001-2016 талаптарына сәйкес университеттің СМЖ құжатталған ақпараты арқылы жүзеге асырылатын университеттің ішкі сапаны қамтамасыз ету жүйесі «Сапа менеджменті жүйелері. Талаптар» және ESG стандарттарының критерийлері талаптарына байланысты университеттің Миссиясы-Көзқарасы-Стратегиясы, Саясаты мен Сапа мақсаттарына, ішкі және сыртқы мүдделі тараптардың күтулеріне сәйкес дамуды қамтамасыз етеді.
2005 жылы университет алғаш рет KZ1510176.07.03.002 нөмірімен ҚР СТ ИСО 9001:2004 сапа менеджменті жүйесінің сәйкестік сертификатын алды.
2016 жылы – университет жаңа нұсқа бойынша сәйкестік сертификатын алу үшін «Ұлттық сараптау және сертификаттау орталығы» АҚ Ақтөбе филиалының сертификатталған компаниясы өткізген сапа менеджменті жүйесінің сертификаттық аудитінен сәтті өтті.
2017 жылы университетке 3 жыл мерзімге ҚР СТ ISO 9001-2016 (ISO 9001:2015 халықаралық стандарты) KZ.Q.01.03.18 КСС №0058809, №KZ.1510318.07.03.00943 сәйкестік сертификаты берілді.
2018, 2019 жылдары университет университеттің СМЖ инспекциялық аудитінің жоспарлы тексеру процедураларынан сәтті өтті.
2019 жылы Университеттің ребрендингіне (Сақтаған Бәйішев атындағы Ақтөбе университеті атауының Баишев Университеті болып өзгертілуіне) байланысты 03.06.2019 ж. 21.09.2017 жылдан 21.09.2020 жылға дейін жарамды KZ.Q.01.0318, KCC № 0104589 сертификаты № KZ.1510318.07.03.00943 нөмірімен берілді.
2020 жылы Бәйішев университеті жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білімі бар кадрларды даярлау бойынша білім беру қызметіне қатысты «Ұлттық сараптау және сертификаттау орталығы» АҚ АФ қайта сертификаттау рәсімінен сәтті өтті және ҚР СТ ISO 9001-2016 (ISO 9001:2015) «Сапа менеджменті жүйелері. Талаптар» талаптарына сәйкестігін растады. 18.09.2020 жылы 18.09.2020-18.09.2023 аралығында жарамды № KZ.1510318.07.03.00943 сәйкестік сертификаты берілді.
2023 жылы Баишев Университеті «Ұлттық сараптау және сертификаттау орталығы» АҚ-ның білім беру саласында жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білімді кадрлар даярлауға қатысты қайта сертификаттауынан сәтті өтті және ҚР СТ ISO 9001-2016 (ISO 9001:2015) «Сапа менеджменті жүйесі. Талаптар» талаптарына сәйкес екендігін дәлелдеді. Университетке 31.10.2026 жылғы мерзімге дейін № KZ.Q.01.0318.C23.02786 от 31.10.2023 ж. сәйкестік сертификаты берілді.
Сертификаттаудың артықшылықтары:
- университет имиджін жақсарту;
- университет өнімдері мен оларға ұсынылатын қызметтердің жаңа тұтынушыларын тарту;
- университет процестерінің халықаралық стандарттарға сәйкестігі;
- конкурстар мен тендерлер кезінде бәсекелестік артықшылықтың болуы, ең тиімді шарттармен ірі мемлекеттік тапсырыстарды алу мүмкіндігі;
- жұмысты жоспарлау процестерін оңтайландыру арқылы жұмыс тиімділігін қамтамасыз ету;
- адам және материалдық ресурстарды ғана емес, сонымен қатар білім, байланыс және контактілерді ұтымды басқаруды қамтамасыз ету;
- университеттің даму қарқынын жеделдету.