ҚР СТ ИСО 9001-2016 талаптарына сәйкес университеттің СМЖ құжатталған ақпараты арқылы жүзеге асырылатын университеттің ішкі сапаны қамтамасыз ету жүйесі.«Сапа менеджменті жүйелері. Талаптар» және ESG стандарттарының критерийлері университеттің миссиясы-пайдасы-стратегиясы, саясаты мен сапа мақсаттарына және ішкі және сыртқы мүдделі тараптардың күтулеріне сәйкес дамуды қамтамасыз етеді.
2005 жылы университет алғаш рет KZ1510176.07.03.002 нөмірімен ҚР СТ ИСО 9001:2004 сапа менеджменті жүйесінің сәйкестік сертификатын алды.
2016 жылы – университет жаңа нұсқа бойынша сәйкестік сертификатын алу үшін «Ұлттық сараптау және сертификаттау орталығы» АҚ ОПС СМ Ақтөбе филиалының сертификатталған компаниясы өткізген сапа менеджменті жүйесінің сертификаттық аудитінен сәтті өтті.
2017 жылы университет ҚР СТ ИСО 9001-2016 (ISO 9001:2015 халықаралық стандарты) KZ сәйкестік сертификатымен марапатталды. 01.03.18 ж. КСС No 0058809, No KZ.1510318.07.03.00943 3 жыл мерзімге.
2018 және 2019 жылдары университет университеттің СМЖ жоспарлы тексеру процедураларынан сәтті өтті.
2019 жылы университеттің ребрендингіне байланысты (Сақтаған Бәйішев атындағы Ақтөбе университеті Бәйішев университеті болып қайта аталды) KZ.1510318.07.03.009630 санды KZ.Q.01.0318, KCC No 0104589 сертификаты берілді. /2019 ж., 21.09.2017 бастап 21.09.2020 дейін жарамды
2020 жылы Бәйішев университеті жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білімі бар кадрларды даярлау бойынша білім беру қызметіне қатысты «Ұлттық сараптау және сертификаттау орталығы» АҚ АФ қайта сертификаттау рәсімінен сәтті өтті және ҚР СТ ISO 9001-2016 (ISO 9001) талаптарына сәйкестігін растады. :2015) «Сапа менеджменті жүйелері . Талаптар». 18.09.2020 жылғы № KZ.1510318.07.03.00943 сәйкестік сертификаты берілді, 18.09.2020 және 18.09.2023 аралығында жарамды.
Сертификаттаудың артықшылықтары:
- университеттің имиджін жақсарту;
- университет өнімдері мен оларға ұсынылатын қызметтердің жаңа тұтынушыларын тарту;
- университет процестерінің халықаралық стандарттарға сәйкестігі;
- конкурстар мен тендерлер кезінде бәсекелестік артықшылықтың болуы, ең тиімді шарттарда ірі мемлекеттік тапсырыстарды алу мүмкіндігі;
- жұмысты жоспарлау процестерін оңтайландыру арқылы жұмыс тиімділігін қамтамасыз ету;
- адам және материалдық ресурстарды ғана емес, сонымен қатар білімдерді, байланыстарды және байланыстарды ұтымды басқаруды қамтамасыз ету;
- университеттің даму қарқынын жеделдету.