Ғылыми кеңес – университетті алқалы басқарудың жоғары органы. Ғылыми кеңес құрамы жыл сайын бекітіледі. Ғылыми кеңес төрағасы – Баишев университеті ректоры. Төраға орынбасары – қызмет бағыты бойынша проректор. Төраға Ғылыми кеңес жұмысын Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрі м.а. 2007 жылғы 22 қарашадағы № 574 «Жоғары оқу орнының Ғылыми Кеңесі қызметінің үлгілік ережесін және оны сайлау тәртібін бекіту туралы» бұйрығы және Қазақстан Республикасының білім және ғылым саласындағы өзге де жаңа нормативтік құқықтық актілері, университеттің ішкі құжаты СМЖ П 01 -2019 «Ғылыми кеңес туралы Ереже» бойынша ұйымдастырып, жүргізеді. Ғылыми кеңес өз жұмысын оқу жылына бекітілген жұмыс жоспары негізінде ұйымдастырады.
Ғылыми кеңес мақсаттары:
- кәсіптік білім беру бағдарламаларын табысты іске асыру мақсатында университеттің студенттері мен профессорлық-оқытушылық құрамы үшін қажетті жағдайлар жасау;
- қаржылық қолдау көрсету, университеттің материалдық-техникалық базасын нығайту;
- университеттің одан әрі дамуына ықпал ету.
Ғылыми кеңес қызметі оның құзыретіне кіретін мәселелерді ұжымдық талқылаудың ашықтығына негізделеді.
Ғылыми кеңес құзыретіне мыналар кіреді:
- Университет құрылымын бекіту;
- Университет жарғысына өзгерістер мен толықтырулар енгізу;
- Университеттің оқу және ғылыми бөлімдерін құру, қайта ұйымдастыру және тарату;
- Университеттің даму тұжырымдамасын (стратегиясын) анықтау;
- Университеттің оқу-әдістемелік, әлеуметтік-тәрбиелік, халықаралық, ғылыми, инновациялық және экономикалық қызметін ұйымдастырудың барлық іргелі мәселелері бойынша шешімдер қабылдау;
- Ректордың, проректорлардың, құрылымдық бөлімшелер басшыларының жыл сайынғы есептерін, оқу, ғылыми зерттеулерді, оқу-тәрбие, қаржылық-экономикалық, ақпараттық және халықаралық қызметті жүргізу нысандары мен әдістері туралы есептерді және т.б. тыңдау;
- Білім берудің барлық деңгейлері мен нысандарының оқу жоспарларын бекіту;
- Оқулықтар мен оқу-әдістемелік құралдарды, оқу-әдістемелік әзірлемелерді, монографияларды және т.б. шолу және басып шығаруға ұсыныс беру;
- Студенттерді ақылы бөлімнен білім беру грантына және экстернатқа ауыстыру туралы шешім қабылдау;
- Қазақстан Республикасы Президентi белгiлеген стипендияны және жеке стипендияларды тағайындау туралы шешiм қабылдау;
- Магистранттардың диссертацияларының (жобаларының), студенттердің дипломдық жұмыстардың (жобалардың) тақырыптары мен жетекшілерін бекіту;
- Университеттің қаржылық-шаруашылық қызметіне бақылау ұйымдастыру;
- бюджеттен тыс қаражатты пайдалану тәртібін, сондай-ақ ақылы білім беру қызметтерін көрсету және өндірілген өнімді өткізу арқылы университет алған кірістерді қайта инвестициялау бағыттарын анықтау;
- Құрметті атақтар, шәкіртақылар мен сыйлықтарды бекіту және тағайындау;
- Университет қызметкерлері мен шығармашылық ұжымдарын мемлекеттік наградалар мен құрметті атақтарға ұсыну мәселелерін қарау;
- Университет ғалымдарына ғылыми атақтар беру мәселелерін талқылау;
- Коллегиялық шешім қабылдауды талап ететін университеттің ағымдағы қызметінің басқа да мәселелерін қарастыру.