Университет 1996 жылы Қазақ мемлекеттік басқару академиясының Ақтөбе филиалы ретінде құрылған.
1997 жылы Қазақ мемлекеттік басқару академиясының Ақтөбе филиалы Батыс Қазақстан экономика және қаржы институты болып қайта құрылды.
2001 жылы Батыс Қазақстан экономика және қаржы институты Сақтаған Бәйішев атындағы Ақтөбе университеті болып өзгертілді.
2012 жылы Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігінің жоғары оқу орындарын оңтайландыру бойынша ұсынымдарына сәйкес және ЖОО-лардың университетпен өзара келісімі бойынша «Дүние» Ақтөбе әлеуметтік-техникалық институты біріктірілді.
2019 жылдан бастап Сақтаған Бәйішев атындағы Ақтөбе университеті ребрендинг нәтижесінде “Баишев Университеті” мекемесі (BAISHEV UNIVERSITET) болып өзгертілді (Байқау кеңесі отырысының шешімі, 24.12.2018 ж. № 5 хаттама).
Баишев университеті – Қазақстанның инновациялық дамуын кадрлық және ғылыми қамтамасыз етуге бағытталған көпсалалы орталық, ол — білім беру және ғылыми қызметтердің сапасы халықаралық стандарттар деңгейіне сәйкес келуін қамтамасыз ету және оның әлемдік білім беру мен ғылым интеграциясына негізделген қызметін жаңарту мақсатында құрылған кеңістік. Университет — кадрларды даярлаудың кең спектрі бойынша жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру бағдарламаларын жүзеге асыратын; басым бағыттар бойынша қолданбалы ғылыми зерттеулермен айналысатын; жастар тәрбиесі және жастар саясаты әлеуметтануы саласындағы жетекші ғылыми-әдістемелік орталық.
Университет құндылықтары:
ұйымдастырушылық және экономикалық тұрақтылық, өзгерістерге ашықтық;
білім беру мен ғылыми қызметтің жоғары сапасы;
академиялық еркіндік және академиялық жауапкершілік;
тұлғалық және шығармашылық өсуге ұмтылу;
патриотизм, азаматтық, сындарлы ынтымақтастық;
қызметкер мен білім алушының жеке басын, олардың қадір-қасиеті мен құқықтарын құрметтеу.
Университет қызметінің маңызды қағидаттары — білімнің іргелілігі мен сапасы, білім мен ғылымның үздіксіздігі мен сабақтастығы, қоғам мен мемлекет үшін пайдалылығы, университеттің қазақстандық және әлемдік білім беру кеңістігінде интеграциялануы.
Университетті басқарудың стратегиялық жоспарлау мен ішкі сапаны қамтамасыз ету жүйесіне негізделген жаңа принциптері қалыптасты.
Университет миссиясы – Батыс Қазақстанның инновациялық дамуы үшін жоғары білікті, бәсекеге қабілетті, әлеуметтік жауапты кадрларды дайындау.
Университет миссиясы, мақсаттары мен міндеттері Ақтөбе облысын дамытудың мақсаттарына, міндеттеріне және басымдықтарына сәйкес келеді және ол облыстың кәсіпорындары мен ұйымдары үшін олардың салалық ерекшеліктерін ескере отырып, құзыретті мамандарды даярлауы; Ақтөбе облысының қолданыстағы экономикалық, техникалық, технологиялық, экологиялық және басқа да проблемаларын ескере отырып, қолданбалы ғылыми зерттеулерді қалыптастырып, жүзеге асыруы арқылы көрініс тауып жатыр.
Университет көзқарасы — ғылым, білім және өндіріс интеграциясына негізделген ашық инновациялық университет.
Университетті дамытудың стратегиялық бағыттары Қазақстан Республикасының 2050 жылға дейінгі даму стратегиясында, Қазақстан Республикасының 2025 жылға дейінгі жалпыұлттық басымдықтарында, Қазақстан Республикасының 2025 жылға дейінгі Ұлттық даму жоспарында және Қазақстан Республикасының жоғары білімді және ғылымды дамытудың 2023-2029 жылдарға арналған тұжырымдамасында белгіленген басымдықтарға сәйкес келеді.
Баишев университеті ел дамуының стратегиялық мақсаттары мен міндеттерін қабылдайды және өзінің Даму бағдарламасын іске асыру арқылы оларды жүзеге асыруға ұмтылады.
Университет саясаты білім беру қызметінің сапасын арттыруға; кадрлық әлеуетті нығайтуға, ғылым мен өндірістің интеграциясын қамтамасыз етуге, үйлесімді тұлғаны тәрбиелеуге, материалдық-техникалық базасын дамытуға, университет құрылымын жетілдіруге бағытталған.
Университеттің ішкі сапаны қамтамасыз ету жүйесі Университетаралық стандартқа, университеттің сапа аясындағы Мақсаты мен Саясатына, ҚР СТ ISO 9001-2016 «Сапа менеджменті жүйелері. Талаптар» критерийлерінің талаптарына және Жоғары білімнің еуропалық кеңістігінде сапаны қамтамасыз ету стандарттары мен нұсқаулығына (ESG) сүйене отырып, дамуды қамтамасыз етеді.
Университетте алқалы және консультативтік-кеңесші органдар бар: бақылау кеңесі, ғылыми кеңес, оқу-әдістемелік кеңес, ғылыми-техникалық кеңес, этика және сыбайлас жемқорлыққа қарсы кеңес, жас ғалымдар кеңесі, академиялық сапа жөніндегі кеңестер, ғылыми студенттік қауымдастық, жұмыс берушілер кеңесі, жастар ісі жөніндегі комитет және т.б.